การเกิดโรค

แม้ว่าปลาช่อนทะเลจะเป็นพันธุ์ปลาที่มีความแข็งแรงทนทานพอสมควรแต่เป็นปลาที่อ่อนแอต่อปรสิต, แบคทีเรีย และไวรัส เหมือนกับปลาทะเลในเขตอบอุ่น โรคจากแบคทีเรียที่มีผลต่อปลาช่อนทะเลรวมทั้งการฉีดวัคซีน (สาเหตุจาก Photobacterium damselae sub sp. piscicida) วิบริโอ และสเตปโตค๊อคคัส โรคจากไวรัส Lymphosystis และปรสิตพวก Myxosporidae, Trichodina และ Neobenedenia ก็เป็นสาเหตุของปัญหาด้วยเหมือนกัน เพราะปลาช่อนทะเลเป็นปลาที่กระฉับกระเฉงและเติบโตรวดเร็ว เชื้อโรคเข้าไปขัดขวางหรือลดการนำออกซิเจนไปสู่เหงือก โดยเฉพาะปัญหาจากปรสิตพวก Amyloodinium จะฆ่าลูกปลาวัยรุ่นในเวลาอันรวดเร็วถ้าปลาไม่ได้รับความสนใจ ปลาแสดงอาการเจ็บปวดและเชื้อแพร่กระจายอย่างรวดเร็ว ทำให้ปลามีบาดแผล หายใจเร็ว และไม่กินอาหาร เพราะว่าโรคทำให้การฟื้นตัวยากและผลผลิตลดลง ปรสิตนี้ยังก่อให้เกิดความเสียหายในระบบการเลี้ยงแบบน้ำหมุนเวียน การปรับปรุงแก้ไขผลผลิตเพื่อบรรเทาปัญหาของโรคและปรสิตของปลาช่อนทะเลในกระชังในไต้หวันได้บันทึกไว้ว่าปลาที่เลี้ยงใกล้แนวชายฝั่งที่มีการไหลของน้ำน้อยมีปัญหามากกว่าปลาที่เลี้ยงในพื้นที่นอกชายฝั่ง การเลี้ยงปลาช่อนทะเลต้องการการตรวจตราดูแลอย่างสม่ำเสมอเพื่อควบคุมโรคถ้าจะให้การเลี้ยงประสบความสำเร็จ