การคัดเลือก clone ที่มี gene ที่ต้องการ

การคัดเลือกโคลนที่มียีนที่ต้องการอาจทำได้ 3 วิธีใหญ่ๆ คือ

การคัดเลือกโดยอาศัยลักษณะ phenotype วิธีการนี้จะต้องอาศัยการแสดงออกของยีนและการสร้างโปรตีนออกมา ดังนั้นการโคลนยีนจะต้องได้ชิ้น DNA ที่ใหญ่พอให้ได้ยีนครบและยีนต้องแสดงออกใน host นั้นได้ การคัดเลือกจะต้องอาศัยคุณสมบัติของโปรตีนที่เป็นผลิตผลของยีนนั้นๆ เช่น อาจอาศัยดูโซนใสรอบโคโลนี ดูการเจริญเติบโตบนอาหารจำเพาะ หรืออาศัยการทำปฏิกิริยาของโปรตีนนั้นกับสารเคมีบางตัว เป็นต้น ดังนั้นวิธีการนี้จึงค่อนข้างจำเพาะเจาะจงและแตกต่างกันออกไปตามคุณสมบัติของยีน
การทำ hybridization ระหว่าง DNA ซึ่งเราตรวจสอบได้โดยการติดฉลากสารรังสีบน DNA ตรวจสอบ (probe) DNA ตรวจสอบอาจเป็นสาย DNA ที่เป็นส่วนหนึ่งของยีนที่ต้องการ การสร้าง DNA ตรวจสอบนั้นปัจจุบันนิยมสังเคราะห์เอง กระทำได้ดังนี้

ขั้นตอน คือ หาลำดับกรดอะมิโนของโปรตีนจากยีนที่ต้องการจะ clone เช่น อาจหาจากลำดับเบสสัก 6-7 ตัว แล้วจึงย้อนกลับไปดูรหัสกรดอะมิโนเหล่านั้น แล้วจึงสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์ขึ้นมาใช้เป็น DNA ตรวจสอบหรือ DNA ติดตาม เพื่อหายีนที่ต้องการโดยวิธี hybridization ซึ่งสามารถกระทำได้โดยการ replica จากจานเลี้ยงเชื้อสู่แผ่น membrane ที่ทำด้วย nitrocellulose หรือ nylon, หลังจากนั้นจึงทำให้เซลล์แตกและนำมา hybridization กับ DNA ติดตามที่ติดฉลากด้วยสารรังสี
วิธีทางอิมมูโนวิทยา โดยการใช้แอนตี้บอดี้ของโปรตีนจากยีนที่ต้องการ วิธีการคือ ถ่ายเชื้อจากจานเลี้ยงเชื้อบนแผ่น membrane เช่นเดียวกับวิธีที่ 2 เสร็จแล้วทำให้เซลล์รั่วออกด้วยไอคลอโรฟอร์ม หลังจากนั้นไปทำปฏิกิริยากับแอนตี้บอดี้ที่ติดฉลากด้วยไอโอดีน 125 (I125) โคโลนีใดมียีนและสร้างโปรตีนจากยีนที่ต้องการได้ ก็จะจับกับแอนตี้บอดี้ที่มี I125 เกาะอยู่ และจะปรากฏเป็นจุดดำบนฟิล์ม x-ray